故事发生在第一部的四年之后，此时特警K（汤米·李·琼斯 饰）已经退休，成为一名普通的邮局局长，而Jay（威尔·史密斯 饰）则继续从事MIB的工作。

卡洛瑟星邪恶女王Serleena（劳拉·弗林·鲍尔 饰）来到地球需找宇宙能量“萨塔之星”，占领了MIB的总部。而当年逃亡到地球的萨塔公主萝娜（罗莎里奥·道森 饰）曾请求MIB把 “萨塔之星”藏在地球，全面负责这件事情的特警K为了地球的安全，拒绝了她。

面对来势汹汹的Serleena，MIB派Jay去寻找特警K，调查当年事件的真相，怎样说服失去记忆的特警K相信外星人的存在，成了Jay面临的第一个难题……