一是区别税收和公共财政支出之间的不同职能，不要把二者的作用相混同，以免对企业所得税立法及相关政策的调整造成混乱。比如，在西部大开发的过程中，为不同经济发展程度、不同财政收入水平的地区提供大体均等的公共服务，这本是进一步深化分税制财政体制改革，完善我国政府间财政转移支付制度要解决的主要任务，但是，中西部一些地区希望通过实行企业所得税的差别税率，来为其解决部分基础设施投资不足的困难，就是混同了税收与公共财政支出的职能。

二是搞好税费关系的整治与协调，为统一内外资企业所得税创造条件。实事求是地说，我国现行企业所得税的名义税率(33%)并不高，在我国周边的14个国家和地区中，有10个国家或地区的公司所得税税率在30%以上。33%的税率在国际上处于中下水平。况且近些年来，我国企业所得税的实际税率与名义税率相距甚远。在这种情况下，若把名义税率降得过低，不仅影响其应有的财政收入保障功能，而且将使我国所得税税收的优惠空间受到局限。当前企业之所以普遍反映负担过重，其根源并不在于税，而在于名目繁多的非税负担。因此，尽管廓清混乱的税费关系，加快税费体制改革步伐，既是减轻企业负担的治本之策，也是统一内外资企业所得税要同时解决的一个重点问题。在这方面，我们既要考虑企业的实际总体负担，又要考虑机家财政的真实收入和可支配财力。在现阶段，如果只考虑税而不同时考虑各种费，就可能出现因低税而高费导致企业实际负担反而比过去更高的不正常现象。总之，税与费的关系只有同时解决，才有利于企业和政府之间关系的“长治久安”，并为进一步调整、优化我国税制结构创造基础性条件。

在复合税制下，政府赋予整个税收体系的政策目标必须在不同税种之间有所分工，不同税种在实现政府政策目标过程中必须协调平衡和相互衔接。所得税的政策协同包括所得税与整个税收体系中其他税类的协同。即与流转税的协同、与财产税的协同，还包括所得税内部各税种之间的协同。协同的目标是使政府赋予税收的各项政策职能得以全面的贯彻和实现；协同的手段机制是相关税种税制要素的设计，如纳税人的确定、征税范围（税基）的选择、税率的设计与调整、核心问题是相关税种税收负担的平衡与调整。

二、中央与地方之间以及地区之间所得税的协调

在现行企业所得税制和个人所得税法中，对企业和个人在外地获得的收入在收入来源地缴纳的所得税是用抵免法来解决双重征税和地区间收入分配问题的。随着社会经济的发展，我国的所得税需要进一步完善，其中包括地方所得税的开征。但地方所得税一旦开征，不同征税主体之间的所得税协调将会产生大量新的问题。

1.地方所得税对中央所得税税基的依赖与协调实行中央与地方所得税分税制以后，就得确定地方所得税的税基。但地方所得税是由地方税务管理机构自行单独核定税基，还是依据中央所得税的税基征收，或者是按地方所得税与中央所得税合并立和的税率征收入库，然后再由国库按预算级次划分收入，这在不同国家有不同选择。如果选择地方独立自行核定自己的税基，其优点是可以独立灵活地贯彻自己的一系列社会经济政策（如引进资金、技术、人才的政策，发挥自己的地区产业优势政策，鼓励对本地区公益事业捐赠的政策，鼓励技术进步和设备的快速折旧政策等），其缺点是会增加本地区税务管理部门与纳税人的征纳手续和困难，增加税务成本。如果选择地方依赖中央所得税的税基或者与中央所得税合并税率征收的方法，优缺点正好与前者相反。对于我国未来将要分设的地方所得税，我们认为，考虑到我国地域广阔，地区的经济发达程度和收入水平、财政状况、经济结构、民族构成等差异较大，以及地方所得税新开设征管经验不成熟等多种因素，地方所得税宜选择与中央所得税共享税基，但允许地方为贯彻其社会经济政策作少量调整。

2.所得税税基的选择

在不同国家或在同一国家的不同地区，计算所得税税基时是否可以扣除中央所得税税额和其他地区的所得税税额，方法是不同的。就中央所得税来说，有可以扣除地方所得税或不可以扣除两种方法可供选择，但多数国家的中央所得税税基是可以扣除地方所得税的，如美国的联邦所得税税基可以扣除州和地方各级政府的所得税额。就地方所得税来说，也有这两种方法可供选择。从技术结果看，如果都允许互相在自己的税基中扣除其他征税主体的所得税额，除了一些地区不征所得税或收入来源地的税负低于居住地的税负之外，原则上等于各个征税主体都只实行收入来源地征税。但是受到国际税收惯例的启示，也由于所得税在地方税收体系中的地位日益重要，各国中央所得税和地方所得税也都行使了地域管辖权和居民管辖权。因此，在征收地方所得税时也产生了较为突出的双重征税问题。有些国家的一些地方所得税允许扣除中央所得税和其他地区的所得税；有些地区的地方所得税则允许扣除中央所得税但不允许扣除其他地区的地方所得税；还有一些地区的地方所得税则对中央所得税和其他地区的所得税都不允许扣除。我国将来开征地方所得税后，这一问题也会十分突出。对此的选择，我们认为：(1)如果不允许扣除中央所得税和其他地区的所得税，将阻碍资本和人才的流动，不利于资源的优化配置。(2)由于难以统一衡量各地的所得税负担，势必造成纳税人的税负不公平。所以应该允许在自己的所得税税基中扣除其他征税主体的所得税。同时，也应该采取避免国际双重征税的模式，通过全国税收征管立法的途径或由各省市参加的避免所得双重征税协定的形式，来解决地方所得税中其他征税主体所得税的扣除问题。不同征税主体均所得税负担水平的综合与选择，在实行地方所得税独立征收以后的所得税分税制下，一个纳税人的同一笔所得将可能被多个征税主体征收，这时就要综合衡量，才能合理设计各个征税主体的所得税负担。从考虑的层次和顺序来说，首先是要确定中央所得税的负担，再确定地方所得税的负担，但在确定中央所得税负担时，也应该考虑有多少给地方政府征收。

在确定地方所得税时就应考虑纳税人已经承担了多少中央所得税。另外地方在确定所得税负担时，也应考虑在本地纳税人的公共产品受益与纳税成本的关系，既要考虑筹集财政资金的需要，也要兼顾吸引税源、发展本地区社会经济的目标。

所得税是整个税收体系中的一个重要税类，其地位将日益重要。在所得税制的制定和改革中，必须注意所得税与其他税类的协调，也要注意所得税内部各税种的协调以及和不同征税主体的所得税之间的协调。才能使所得税制更加完善。