故事讲述1942年的晋东城太阳旗肆虐，以坂本、严丸为首的日本守军对晋安城周围的我根据地，进行了残酷的大扫荡。在一次伏击战中，武工队队长王亮救下了贸然闯入的女干部方佳，两人性格南辕北辙，一路磕磕碰碰彼此瞧不顺眼。貌似柔弱的方佳竟成为敌后小村庄赵庄地下同志口中的女诸葛，她将家家户户的地道打通，连成错综复杂的地下网络；以村口的客栈灯笼为信号，躲过了无数次的日军搜查，甚至成功地救了王亮等人的性命，王亮不禁对这个看似弱不禁风的女同志刮目相看。坂本请来严丸的师傅日本剑圣木谷雄一、师弟矩丸以及民国第一杀手王亚樵的义子王定天来到晋东城剿杀王亮率领的这支八路军武工队，并执行细菌战争这个丧尽天良的秘密计划。