繁华大都会美国纽约，邪恶领袖施莱德（水源士郎 饰）率领的大脚帮在城市内为非作歹，甚嚣尘上。安保公司老板萨克斯（威廉·菲德内尔 饰）推出最新安保系统，发誓维护城市的和平。第6频道女记者爱普尔·奥尼尔（梅根·福克斯 饰）偶然拍到大脚帮被四名神秘侠客挫败的画面，在第二次遭遇非常事件时，她惊讶地发现四名侠客 竟然是变异后的巴西龟：拉斐尔（阿伦·瑞奇森 饰）、莱昂纳多（皮特·普劳泽克 饰）、米可朗基罗（诺尔·费舍 饰）、多纳泰罗（杰瑞米·霍华德 饰）。忍者神龟的名字勾起了爱普尔儿时的记忆，当年她的父亲与萨克斯正是研究生物变异实验的伙伴。她将这个消息告诉给萨克斯，可是在和忍者神龟及其老师斯普林特（丹尼·沃德本恩 饰）会面后，才发觉萨克斯与施莱德是这座城市内的罪恶之源……