故事讲述一个年青海军军官被判腔毙，但醒来时却发现自己未死，还身处一艘核武潜艇内，潜艇原来是从前苏联送给韩国用来偿还借贷的，被视为国家机密，跟它的名字幽灵号一样，船上所有队员都是没有身分的幽灵……未几，船上发生巨变，好战的202号中尉杀死了船长控制了幽灵号，向日本进发。

1999年某日，韩国正在举行军事演习，一名发狂的潜艇舰长想要发射导弹，被副长官伊索夫发现击毙，为此伊索夫被军事法庭判处死刑。然而伊索夫醒来发现自己并未死，却身处一个秘密的军事基地，原来韩国一直在秘密的研制核潜艇，潜艇的代号被成为“幽灵”。船上所有队员都是没有身分的幽灵。不久潜艇有了出海任务，在经验丰富的老艇长的带领下，潜艇秘密的向公海驶去。寂寞的海底生活并难不倒伊索夫，但是副艇长202却似乎总用敌视的眼光看着他。有一天，船上发生了巨变，202杀死了老船长控制了幽灵号，向日本进发。面对此景，不愿引发日韩战争的伊索夫在船上开动了游击战……B