自此铁木真和札木合两人一起在部落共同生活。但其间铁木真提拔一些非惑族的人为将领，引发札木合不满，最终导致决裂。大约在1182年前后，铁木真被推举成为蒙古乞颜部的可汗。

1190年，在铁木真的领导下，蒙古乞颜部迅速发展壮大，引起札达兰部首领札木合的不满。札木合以其弟弟绐察儿被铁木真部下所杀为借口，纠集了13个部落三万余人，向铁木真发起进攻。铁木真也动员了部众十三翼(即13个部落)迎击，这就是著名的十三翼之战。首战铁木真虽兵败退至斡难河畔哲列捏狭地，但万万没想到的是，获胜的札木合却失去了人心。战后，因为札木合把落入自己手里的人全部处死，将俘虏分七十大锅煮杀，史称“七十锅惨案”。这种惨不忍睹的场面，连其部下也“多苦其主非法”，甚至担心起自己的命运来。相反，宽厚仁容的铁木真赢得了人心，那些担心自己命运的札木合的部下纷纷倒向铁木真。此战铁木真败而得众，使其军力得以迅速恢复和壮大。铁木真的部众一下子猛增了许多。

在铁木真努力下，其部族再次强大。1196年，塔塔儿部首领蔑兀真笑里徒反抗金朝，金朝承相完颜襄约克烈部王汗和铁木真联合出兵进攻塔塔儿，塔塔儿部大败，蔑兀真笑里徒被杀。铁木真遂被金朝封为“札兀惕忽里”，即部落官。

1201年，泰赤乌部、塔塔儿部、蔑儿乞部等11部推举札达兰部的札木合为“古儿汗”，联兵攻打铁木真。铁木真联合王汗，于阔亦田之战击败札木合等十二部联军。

1202年，杀死塔塔儿部首领札邻不合并屠杀残余的塔塔儿人，忆起少年时，父亲也速该遭塔塔儿所害，临命终时的遗言，遂将凡是身高超过车轮高的塔塔儿士兵、男子通通都杀光，手法残忍震惊蒙古诸部族。

1203年，王汗将铁木真收为长子，导致桑昆跟铁木真仇恨，札木合鼓动桑昆联合王汗夹击铁木真。合兰真沙陀之战爆发，这是铁木真经历的最为惨烈的一仗，他的军队只剩下4千6百余人。他逃到贝尔湖以东才避过一劫。并在当年秋天突袭王汗驻地，三天后完全消灭克烈部。王汗逃到鄂尔浑河畔之后被乃蛮人杀死。而其子桑昆则逃到库车，被当地人杀死。

1204年，铁木真征伐蒙古草原西边的太阳汗，于纳忽崖之战击败乃蛮大军，太阳汗当场被杀，后乃蛮部灭亡，乃蛮部太子屈出律则逃亡西辽。

1206年，札木合被叛变的将领送到铁木真之手，札木合请死，铁木真杀了他。尔后，铁木真统一蒙古草原的众部族。

1206年春天，蒙古贵族们在斡难河(今鄂嫩河)源头召开大会，诸王和群臣为铁木真上尊号“成吉思汗”，正式登基成为大蒙古国皇帝 [7][8](蒙古帝国大汗)，这是蒙古帝国的开始。成吉思汗遂颁布了《成吉思汗法典》，是世界上第一套应用范围最广泛的成文法典，建立了一套以贵族民主为基础的蒙古贵族共和政体制度。

1208年，成吉思汗派大将速不台追击三姓蔑儿乞部首领脱黑脱阿、忽都父子、乃蛮部太子屈出律，脱黑脱阿中流矢而死。

1205年，1207年，1209年，蒙古三次侵略西夏，逼使西夏屈服。 1210年，西夏向蒙古称臣，保证以后派军队支持蒙古军事行动，此外，西夏皇帝夏襄宗献女求和，把察合公主嫁给了成吉思汗。

1211年春天，新疆东部的畏兀儿归附蒙古。

1210年，成吉思汗与金朝断绝了朝贡关系(约从1195年开始)。1211年二月，成吉思汗亲率大军入侵金朝，在1211年的野狐岭会战击败四十万金军，并在次年和第三年陆续攻破金朝河北、河东北路和山东各州县，1214年三月，金宣宗遣使向蒙古求和，送上大量黄金、丝绸、马匹，并将金卫绍王的女儿岐国公主送给成吉思汗为妻，还有童男女五百陪嫁。成吉思汗从中都撤兵。